Después de que el sistema se instale en un servidor web, el gestor/a de la revista la configurará por medio de cinco pasos, completando plantillas y configurando la gestión de la revista. La configuración no tiene que hacerse toda a la vez: las plantillas pueden completarse y guardarse. El gestor/a de la revista podrá volver a Configuración para terminar la tarea o hacer cambios en cualquier momento.

La configuración está a disposición del gestor/a de la revista en la página Gestión de la revista y contiene su propio conjunto de textos de ayuda incorporados en cada una de las plantillas. La configuración del sitio web de la revista requerirá decisiones y textos para los siguientes elementos, entre otros, los cuales pueden prepararse por adelantado con la ayuda de los editores/as o añadirse posteriormente.

• Contacto principal de la revista
• Contacto técnico
• Objetivos y alcance de la revista
• Políticas y secciones de la revista
• Directrices del autor/a
• Requisitos de envío para autores/as
• Elementos de indexación y ejemplos adecuados
• Política de revisión por pares
• Directrices del revisor/a
• Política de derechos de autor
• Política de acceso abierto
• Consejo editorial/Consejo de revisión
• Políticas de suscripción
• Uso de maquetistas, correctores/as de originales o revisores/as.